Wir unterscheiden Bakterien, Viren, Pilze Protozoen. Die Erreger der Malaria sind beispielsweise Protozoen. Alle diese Mikro- organismen greifen seit Jahrmillionen die Makroorganismen (Menschen, Tiere, Pflanzen) an - und dabei sind sie trotz modernster Forschung sehr erfolgreich. Denn nach wie vor sind Infektionen und nicht Krebs oder Herzinfarkte die häufigsten Erkrankungen des Menschen. Alle Mikroorganismen haben es im Laufe der Evolution geschafft, bei Menschen eine Infektion zu verursachen. Beispielsweise kann eine Lungenentzündung durch Bakterien, Viren, Pilze oder auch Protozoen verursacht werden.Die häufigsten Infektionskrankheiten bei Menschen sind Atemweg- infektionen, Harnweginfektionen und Infektionen der Haut.
Bei den Bakterien unterscheidet man krank machende, sogenannte pathogene, und nicht krank machende, sogenannte apathogene Bakterien. Letztere sind millionenfach häufiger als pathogene Bakterien. Eine wichtige Funktion der apathogenen Bakterien ist es, uns vor Infektionen mit pathogenen Keimen zu schützen. Ohne gesunde Bakterien-Hautflora (bis zu 10.000 Keime und mehr pro Quadratzentimeter Haut) und ohne Darmflora (ca. 1013 Bakterien pro Gramm Stuhl) können wir nicht überleben. Eine gesunde Darmflora hilft uns bei der Verdauung. Auch die biologische Abwasserreinigung ist im Wesentlichen Bakterienleistung. Denn ohne Tausende von verschiedenen Abwasser-Bakterienarten, die sich ergänzen und zusammenarbeiten, kann kein biologischer Abbau im Erdreich und im Abwasser erfolgen.