Ausnahmslos jede Antibiotikatherapie führt zu Antibiotikaresistenz und die Resistenzentwicklung beginnt bereits mit der ersten Dosis. Jedes Antibiotikum gelangt entweder direkt über den Blutkreislauf, wenn es mit einer Infusion dem Körper zugeführt wird, oder etwas später nach Aufnahme im Magen-Darm-Trakt an den Infektionsort, aber auch gleichzeitig in die Leber. In der Leber werden die Antibiotika entweder verstoffwechselt und dadurch teilweise inaktiviert, oder in aktiver Form über die Galle in den Dünndarm ausgeschieden, oft in höherer Konzentration als im Blutkreislauf. Vom Dünndarm aus durchspült dann bereits ein großer Teil bereits der ersten Antibiotika-Dosis den gesamten Dünn- und Dickdarm mit unserer normalen Darmflora. Stuhl besteht bekanntlich zum größten Teil aus Bakterien. Unsere normale Darmflora setzt sich aus hunderten von verschiedenen Bakterienspezies zusammen, von denen einige bereits antibiotikaresistent sind, andere aber durch das Antibiotikum abgetötet werden. Wieder andere beginnen resistent zu werden. Jedes Antibiotikum führt somit in der Darmflora, teilweise auch in der Hautflora, zu resistenten Bakterien, dies – um es noch einmal zu betonen – bereits nach der ersten Dosis. Je länger eine Antibiotika-Therapie dauert, umso mehr nimmt die Antibiotika-Resistenz zu. Die Darmflora besteht aber nicht nur aus Bakterien, sondern in sehr geringer Anzahl auch aus Pilzen. Diese werden nicht durch Antibiotika abgetötet und vermehren sich dramatisch, wenn die normale Flora der Darmbakterien vernichtet ist.
Durchfall als eine der häufigsten Nebenwirkungen von Antibiotika-Therapie ist die Folge der gestörten bzw. zerstörten Darmflora.

Was bisher wenig bekannt ist: Antibiotika erzeugen auch in der Umwelt Resistenz, und zwar im Boden und im Abwasser. Wiederum bereits mit der ersten Dosis beginnt der Körper die Antibiotika mit Stuhl und Urin auszuscheiden. Mit dem Stuhl gelangen auch antibiotikaresistente Bakterien und mit dem Urin Antibiotika in hoher Konzentration ins Abwasser. Biologischer Abbau von allem was ins Abwasser gelangt, ist aber im Wesentlichen Bakterienleistung. Ohne die Leistung von hunderten verschiedener Abwasserbakterien gibt es keinen biologischen Abbau. Die Abwasserbakterien werden jedoch durch alle antibakteriellen Stoffe, die ins Abwasser gelangen, also z.B. Antibiotika, Desinfektionsmittel oder toxische Toilettenreiniger zerstört und somit wird der biologische Abbau beeinträchtigt.

Antibiotikaresistente Keime können über das Abwasser ins Grundwasser und somit letztlich auch ins Trinkwasser gelangen. Vor einigen Jahren wurden im Trinkwasser einer deutschen Großstadt Antibiotikaresistenzgene gefunden.