Jeder kennt den intensiven Einfluss von manchen Gerüchen auf die Stimmung. Die angenehme psychoaktive Wirkung von Duftstoffen ist erwünscht. Für die meisten Menschen haben Duftstoffe bei bestimmungsgemäßem Gebrauch der Produkte keine unangenehmen Nebeneffekte. Es gibt jedoch immer mehr Menschen, die sehr empfindlich auf Duftstoffe reagieren und deren Lebensqualität durch diese Unverträglichkeit deutlich reduziert ist. Duftstoffe können auf die Haut, das zentrale Nervensystem, das Herz-Kreislaufsystem, das Immunsystem und die Atmung wirken. Es gibt Hinweise darauf, dass manche Duftstoffe nervenschädigend, krebserregend, hormonartig wirksam sind und sich in der Nahrungskette anreichern können. Duftstoffe können auch einen Asthma- oder Migräneschub auslösen.
Für Duftstoffe, die im Kosmetikbereich eingesetzt werden, wird in der Regel getestet, ob sie hautreizend, sensibilisierend oder phototoxisch sind. Duftstoffe sind nach Zink die Hauptursache von Kontaktallergien. Man schätzt, dass in Deutschland mindestens eine halbe Million Menschen von Duftstoffallergien betroffen sind. Eichenmoos und Isoeugenol sind die häufigsten Allergieauslöser. Über die anderen Wirkungen von Duftstoffen auf die menschliche Gesundheit liegen bisher nur wenige Untersuchungen vor.
Viele Duftstoffe sind hitze- und lichtempfindlich, so dass sie sich in der Innenraumluft chemisch verändern. Dies ist v.a. bei Duftkerzen, Duftöllämpchen und Räucherstäbchen relevant. Die resultierenden Reaktionsprodukte sind oft stärker giftig als die Ausgangsstoffe.
Mit natürlichen Duftölen, sogenannten ätherischen Ölen, sollte man vorsichtig umgehen, da sie giftige Stoffe enthalten können. Besonders giftig sind Kampher, Eukalyptus- und Pfefferminzöl, etwas weniger giftig sind Terpentinöl, Orangen-/Zitronenschalen-, Teebaum- und Nelkenöl. Ätherische Öle können das zentrale Nervensystem, die Nieren oder die Atemwege beeinträchtigen und beim Verschlucken zu massiven Vergiftungen führen. Vor allem Säuglinge und Kleinkinder reagieren auf kleinste Mengen.
Auch wenn Duftstoffe in so geringen Konzentrationen in der Luft vorhanden sind, dass wir sie nicht bewusst wahrnehmen, können sie Wirkungen auf den menschlichen Körper haben. Sie können dann z.B. die Stimmung beeinflussen, ohne dass wir in der Lage wären, dies auf einen Geruchsreiz zurückzuführen. Mit dieser Eigenschaft von Duftstoffen lassen sich Menschen manipulieren. So ist die Verweilzeit in bedufteten Geschäften oder Restaurants höher als in unbedufteten. Duftstoffe werden bei der Raumbeduftung auch dazu eingesetzt, unangenehme Gerüche zu überdecken. Sie täuschen damit hygienische Zustände vor, so dass die warnende Wirkung von Gestank nicht mehr vorhanden ist und die unhygienischen Verhältnisse nicht beseitigt werden - mit den entsprechenden möglichen Folgen für die Gesundheit.